Лечение цзю имеет и некоторые недостатки. Тем не менее врачи должны сознательно и полностью использовать преимущества метода цзю и избежать его недостатков. Основными недостатками метода цзю в настоящее время являются трудность в определении дозировки и необходимость большого внимания со стороны врачей во время процедуры. Так, при проведении цзю, если врач недостаточно внимателен, искры от сигареты могут зажечь одежду больного и вызвать у него ожоги. Кроме того, дым от сигареты ухудшает воздух в комнате. Если тлеющий конец сигареты держится слишком высоко над кожей, у больного не будет нужного приятного ощущения и эффект от лечения будет снижаться, а если слишком близко держать к коже тлеющий конец полынной сигареты, то больной может почувствовать резкую боль. Поэтому необходимо устойчиво и правильно Держать полынную сигарету. Это не значит, что при продолжительности цзю в 30 минут и больше, когда рука с полынной сигаретой фиксирована хорошо, одежда больного хорошо защищена и тепловой эффект достигнут, нельзя позволить врачу сделать небольшие движения.
Чтобы в помещении не было душно и дымно, во время процедуры летом можно открыть окно; зимой необходимо через определенное время проветривать помещение, при этом следует накрыть больного одеялом. Во избежание пожара от искры тлеющей полынной сигареты необходимо своевременно стряхивать пепел в пепельницу, а после процедуры отрезать тлеющий конец ножницами. Для этой цели при проведении лечения Цзю следует приготовить квадратный тазик среднего размера, в который кладут спички, полынные сигареты, ножницы, фарфоровую банку с крышкой вместо пепельницы. При обучении больного методу лечения цзю его необходимо ознакомить со всеми возможными опасностями этого метода.